Metafysica is het onderdeel van de filosofie die in de 20ste eeuw aan veel kritiek onderhevig was. Apostel probeert daarom een wetenschappelijke metafysica uit te werken. Een belangrijk onderdeel van ons wereldbeeld wordt bepaald door de fysica. Het ligt dan ook voor de hand te proberen de verschillende fysische theorieën te verenigen in een metafysica. In een eerste hoofdstuk beschrijft Apostel de basisprincipes van zijn metafysica en ontwikkelt hij een ontologie waar entiteiten worden beschreven als systemen en oorzaken. In een volgend hoofstuk wordt de ontologie verbonden met twee algemene eigenschappen die kunnen worden verbonden met de ontologie en die tegelijkertijd wiskundig beschrijfbaar zijn: symmetrie en symmetriebreking. Met behulp van dit begrippenkader wordt in de rest van het boek een ontologische "deductie" ondernomen van de klassieke fysica, de statistische fysica en de thermodynamica. Natuurfilosofie is het eerste deel van het metafysicaproject van Apostel. Het wordt voortgezet in Oorsprong en Het Levend Kristal waar ook mens- en cultuurwetenschappen worden behandeld.